Hitori "Bocchi-chan" (la petite solitaire) Goto est une lycéenne introvertie qui ne vit que pour sa guitare. Chaque jour, elle ne fait rien d'autre que de gratter son instrument, toute seule à la maison. Cependant, sa vie change lorsqu’elle rencontre un jour Nijika Ijichi qui cherche une guitariste pour son groupe appelé "Kessoku Band".
À l'ère Edo, en 1770, Manji, le samouraï immortel, poursuit sa quête : tuer 1000 scélérats pour racheter ses crimes passés. La jeune Lin, soucieuse de venger sa famille quémande son aide et ensemble, ils partent en guerre contre la terrible école du Ittô-Ryû.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
Après avoir provoqué un incident majeur, le policier Daigo Agawa emmène sa femme et sa fille vivre dans le village de montagne isolé de Kuge. L’endroit semble parfait pour se remettre de l’épreuve, malgré la disparition mystérieuse d’un précédent officier affecté là-bas. Un jour, le corps d’une vieille femme est retrouvé dans la montagne. La famille Goto affirme qu’elle a été attaquée par un ours, mais Daigo remarque une trace de morsure humaine. Il devient vite évident que tout n’est pas comme il paraît dans le village.