"C'est un film sanglant et très divertissant, mais les thèmes de la loyauté, de l'honneur et de l'identité jouent aussi un rôle très important", explique Joel Silver. "Pour les fans du genre, c'est un pur film de ninjas, dur et violent. Ils vont adorer tous les styles de combat que nous avons utilisées. Et les méchants en prennent plein la figure !"
Toutes les scènes de Ninja Assassin ont été tournées en Allemagne, aussi bien celles situées à Berlin que celles censées se dérouler au Japon.
Afin d'éviter au maximum l'utilisation de câbles et d'effets d'optique, les coordinateurs des cascades ont fait appel à des pratiquants de sports extrêmes pour rendre les combats plus acrobatiques, sans avoir recours aux câbles.
Pour chorégraphier les séquences de combat de Ninja Assassin, l'équipe du film s'est tournée vers Chad Stahelski et Dave Leitch, qui avaient déjà travaillé avec Andy et Lana Wachowski sur Matrix 1, 2 et 3, puis sur V pour Vendetta, et officient également comme réalisateurs de la 2ème équipe ici.
C'est après lui avoir fait tourner sa première scène de Speed Racer qu'Andy et Lana Wachowski ont choisi Rain pour le rôle principal de Ninja Assassin.
"J'ai pratiqué le karaté à l'université et les arts martiaux ont toujours joué un rôle important dans ma vie", explique le scénariste Matthew Sand. "Ecrire un film sur des ninjas était donc pour moi un rêve qui devenait réalité."
Ninja Assassin confirme le goût prononcé d'Andy et Lana Wachowski pour la culture japonaise, eux qui s'étaient notamment inspirés des mangas pour Matrix et Speed Racer.
Peu satisfaits du travail de Matthew Sand, Andy et Lana Wachowski ont engagé J. Michael Straczynski pour réécrire le script, six semaine avant le début du tournage. Une tâche dont le scénariste s'est acquittée en l'espace de 53 heures.
Il n'est pas impossible de voir le passage où un militaire évoque le fait que Raizo ait plus le physique d'un membre de boys band que celui d'un tueur comme une private joke, dans la mesure où l'interpète du ninja, Rain, a fait partie d'un boys band au début de sa carrière.
Avec Ninja Assassin, Jung Ji-Hoon, alias Rain, retrouve James McTeigue, qui était le réalisateur de la seconde équipe sur Speed Racer, dans lequel l'acteur tenait un rôle.
Les rumeurs (maintes fois démenties) concernant le changement de sexe d'un des deux réalisateurs de Matrix sont confirmées par Ninja Assassin, puisque le film est produit par Andy et Lana Wachowski (ex-Larry).
Ninja Assassin est le deuxième long métrage réalisé par James McTeigue après V pour Vendetta, même s'il a également participé au tournage d'Invasion, en retournant quelques scènes.