Japon, été 1945. Après le bombardement de Kobé, Seita, un adolescent de quatorze ans et sa petite soeur de quatre ans, Setsuko, orphelins, vont s’installer chez leur tante à quelques dizaines de kilomètres de chez eux. Celle-ci leur fait comprendre qu’ils sont une gêne pour la famille et doivent mériter leur riz quotidien. Seita décide de partir avec sa petite sœur. Ils se réfugient dans un bunker désaffecté en pleine campagne et vivent des jours heureux illuminés par la présence de milliers de lucioles. Mais bientôt la nourriture commence cruellement à manquer.
Juillet 1988. L’utilisation d’une nouvelle arme de destruction massive dans la région du Kantō, au Japon, déclenche la Troisième Guerre mondiale. 2019, trente et un ans plus tard. Alors que les préparatifs des Jeux olympiques de l’année suivante ravivent le souvenir de la grandeur passée de Neo-Tokyo, mégalopole bâtie sur la baie de Tokyo, Kaneda, chef d’un gang de bōsōzoku justiciers, sillonne à moto les rues dévastées de la ville et sème le chaos. Une nuit, Tetsuo, membre du gang, croise la route d’un étrange garçon lié à un programme expérimental du gouvernement. Sous les yeux médusés de Kaneda et de sa bande, Tetsuo et le mystérieux garçon sont emmenés dans un laboratoire militaire. Déterminé à sauver son ami, Kaneda s’infiltre dans l’installation, où il découvre que Tetsuo a développé des pouvoirs surnaturels. Pendant ce temps, l’un des enfants du laboratoire prédit le réveil d’AKIRA, le secret le mieux gardé du gouvernement. En quête de réponses sur ses nouveaux pouvoirs, Tetsuo descend dans les profondeurs de Neo-Tokyo, où AKIRA est endormi depuis des années.
Cathy, jeune debutante du F.B.I., est chargee d'enqueter sur l'assassinat d'un animateur de radio de Chicago connu pour ses emissions provocatrices. Ses recherches la conduisent aupres de Gary Simmons, pacifique fermier, ancien combattant du Vietnam. Cathy tombe bientot amoureuse de cet homme tranquille qui lui semble bien inoffensif. Mais Gary qui ...