Michael Apted étudie le droit et l'histoire à l'université de Cambridge et entame une carrière de documentaliste chez Granada Television. Durant les années soixante, il réalise plusieurs épisodes de la série télévisée Coronation street. Certains d'entre eux ont remporté des BAFTA Awards et Michael Apted en a lui-même obtenu un dans la catégorie Meilleur réalisateur de série.

Il se découvre très tôt un certain intérêt pour le documentaire et contribue notamment à l'étude de caractère Seven Up! réalisée en 1963 par Paul Almond, dans laquelle plusieurs enfants de sept ans et de milieux sociaux divers sont interrogés sur leurs vies. Michael Apted prolonge l'expérience et décide d'interviewer à nouveaux les mêmes personnes tous les sept ans, faisant de ce projet la plus longue étude de caractère jamais filmée avec six nouveaux films qui suivront les sujets jusqu'à leurs 49 ans.

Apted s'oriente vers le cinéma en 1973 et dirige son premier long métrage, Triple echo, dans lequel une jeune femme cache un déserteur en le faisant passer pour sa soeur. En 1979, il enchaîne avec Agatha, un drame interprété par Dustin Hoffman et Vanessa Redgrave et portant sur la mystérieuse disparition d'Agatha Christie en 1926.

En 1980, Michael Apted s'installe aux Etats-Unis et tourne son premier film hollywoodien, Nashville Lady, sur la vie de la chanteuse de country Loretta Lynn. Ce long métrage obtient sept citations aux Oscars, notamment dans la catégorie Meilleur film, et Sissy Spacek remporte celui de la meilleure actrice. En 1983, il dirige William Hurt et Lee Marvin dans Gorky Park, un film policier dont l'action se déroule à Moscou.

En 1987, Michael Apted se rend au Rwanda et au Kenya pour filmer Sigourney Weaver et les singes de Gorilles dans la brume. Cette évocation de la vie de l'anthropologue Dian Fossey permet à l'actrice d'être citée à l'Oscar. Dans le même registre, le cinéaste dirige Jodie Foster en jeune sauvageonne dans le mélodrame Nell (1994). La brillante prestation de celle-ci lui vaut d'être à son tour citée à l'Oscar.

Michael Apted se consacre parallèlement au thriller en réalisant Coeur de Tonnerre (1992), dans lequel Val Kilmer enquête sur sur le meurtre d'un Sioux Oglala, Blink (1994), où Madeleine Stowe incarne une aveugle aux prises avec un mystérieux tueur en série, Mesure d'urgence (1996), dans lequel Hugh Grant est intrigué par la mort de sans-abri présentant des symptômes étranges, ou encore Plus jamais (2002) où Jennifer Lopez mène une lutte acharnée contre un mari violent. Le metteur en scène d'origine britannique apporte sa contribution à la série des James Bond en 1999 en réalisant les nouvelles aventures de l'agent 007 dans Le Monde ne suffit pas.

Malgré ses multiples fictions pour le grand écran, Apted n'oublie pas le genre documentaire et s'y adonne régulièrement tout au long de sa carrière en variant les sujets. Il réalise notamment une étude sur différents artistes dans Inspirations (1997), puis sur des scientifiques dans Me & Isaac Newton (1999).

Après avoir tourné le drame historique Amazing Grace (resté inédit en France), il s'essaie pour la première fois au film fantastique pour les besoins du troisième volet du Monde de Narnia en 2010. Il poursuit sa carrière à la télévision, mais revient à l'occasion au cinéma (Chasing Mavericks).