À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Au Liban, dans un village isolé, cerné par des mines, les femmes chrétiennes et musulmanes complotent pour empêcher les hommes de se battre. Jusqu’au jour où un drame surgit…
A Beyrouth, cinq femmes se croisent régulièrement dans un institut de beauté, microcosme coloré où plusieurs générations se rencontrent, se parlent et se confient. Au salon, les hommes, le sexe et la maternité sont au coeur de leurs conversations.