Né en Equateur mais élevé à Albuquerque au Nouveau Mexique, Mike Judge obtient un diplôme de physique à l'Université de Californie. Passionné de musique, il part à Dallas tenter sa chance comme musicien et intègre le groupe de blues Anson Funderburgh and The Rockets où il officie en tant que bassiste. Cependant, il s'intéresse très tôt au monde de l'animation et réalise en 1991 le court métrage animé Office Spade (dont la version longue et non animée sortira en 1999), remarqué lors du festival d'animation de Dallas. C'est dans son deuxième court animé, intitulé Frog Baseball, qu'apparaissent pour la première fois les personnages déjantés (et désormais célèbres) Beavis et Butt-Head.

En 1993, la série animée culte et décalée Beavis et Butt-Head débarque sur MTV, où elle sera diffusée pendant quatre années. Mike Judge assure le doublage de la plupart des personnages, dont les deux principaux. Ce dessin animé débouche en 1996 sur une version longue baptisé Beavis et Butt-Head se font l'Amérique, premier long métrage du cinéaste. L'année suivante, il crée une nouvelle série animée pour la Fox, King of the Hill, qui remporte un immense succès ainsi que plusieurs prix et nominations aux Etats-Unis. En 2003, il crée avec Don Hertzfeldt The Animation Show, un festival d'animation itinérant dans le but de promouvoir les courts métrages d'animation et leurs auteurs.

En 1999, Mike Judge écrit et réalise 35 heures, c'est déjà trop, son premier film non animé, avec Jennifer Aniston dans l'un des rôles principaux. Si le succès au box-office n'est pas au rendez-vous, le film est devenu avec le temps une comédie culte en Amérique du Nord. Six ans plus tard, Judge écrit et réalise la comédie Idiocracy, avec Luke Wilson en héros improbable, confronté à une humanité devenue stupide.