Neveu de Dev Anand et de Vijay Anand, célèbres acteurs-réalisateurs-scénaristes, Shekhar Kapur a côtoyé depuis son enfance le septième art. Tournant le dos à la profession d'expert-comptable, Shekhar Kapur part travailler en Angleterre avant de retourner en Inde pour embrasser une carrière d'acteur. Bientôt, la réalisation l'attire. Il suit alors l'apprentissage classique de l'industrie cinématographique de son pays pour devenir assistant réalisateur puis cinéaste à part entière.

En 1983, il fait ses débuts derrière la caméra avec Masoom, puis Mr India, film fantastique dans un décor d'orphelinat, suivi de La Reine des bandits, basé sur la vie de Phoolan Devi, opposante au régime puis membre du parlement indien. Ce film est un véritable succès commercial en Inde avant d'être interdit dans les salles par décision de justice. Le gouvernement reproche au film un langage et une représentation explicites de la sexualité ainsi que l'exhibition de la nudité. Figure emblématique de Bollywood, Shekhar Kapur est l'un des premiers metteurs en scène indiens à poursuivre une carrière à Hollywood.

En 1998, le public international le découvre grâce à Elizabeth, nominé à sept reprises pour les Oscars : Meilleur film, Meilleure actrice pour Cate Blanchett, Meilleure photographie, Meilleure musique, Meilleurs costumes, Meilleure direction artistique et Meilleur maquillage. Trois ans après, Shekhar Kapur adapte à l'écran le roman de A.E.W. Mason, Les Quatre plumes blanches, qui devient Frères du désert avec dans les rôles principaux Heath Ledger, Wes Bentley et Kate Hudson.

Shekhar Kapur renoue, en 2007, avec la reine Elizabeth 1ère et Cate Blanchett afin de donner une suite à la fresque historique entamée plus de dix ans auparavant.