Après des études à la Royal Academy of Dramatic Art à Londres, Marianne Jean-Baptiste se distingue très vite avec le long métrage de Mike Leigh, Secrets et mensonges, qui lui vaut de nombreuses nominations. Elle est la première actrice anglaise noire nominée aux Oscars en 1996 dans la catégorie Meilleur second rôle. Face à cette reconnaissance professionnelle, les propositions affluent... aussi bien à la télévision qu'au cinéma. Elle se glisse dans la peau de Christina Parks dans How to Make the Cruelest Month, est 28 jours en sursis dans le long métrage de Betty Thomas, et décroche le rôle de Dr Miriam Kent dans The Cell.

2002 se révèle une année déterminante dans la carrière de la comédienne. Si elle se fait remarquer dans le Spy game de Tony Scott, c'est le petit écran qui va lui offrir la notoriété avec la nouvelle série de Jerry Bruckheimer et Hank Steinberg, FBI : portés disparus. Aux côtés d'Anthony LaPaglia, elle incarne un agent du FBI chargé de retrouver les personnes disparues. Le show rencontre un immense succès dans de nombreux pays. Marianne Jean-Baptiste en profite pour poursuivre parallèlement sa carrière sur le grand écran. Elle co-produit et joue dans le bouleversant Jam, et incarne Clary dans La Cité de l'ombre, l'adaptation cinématographique du roman éponyme de Jeanne DuPrau.