Parallèlement à des études de lettres, Marie Jaoul de Poncheville commence sa carrière professionnelle en tant que journaliste à Bayard Presse et directrice artistique dans un magazine pour enfants. Puis nommée à la Société Française de Production, elle est chargée de réorganiser le département des programmes de télévision pour la jeunesse. Elle se tourne ensuite vers la littérature et le cinéma et crée avec François Truffaut sa maison d’édition 5 Continents. Elle débute au cinéma en tant que productrice avec Christopher Francis Giercke qui lui propose de participer au film "Le Dieu de la Danse" de Richard Kohn. Tourné au Népal, le film s’intéresse à un rituel bouddhiste tibétain. Cette collaboration est le point de départ d’une série de documentaires relatant l’histoire dramatique des tibétains qu’elle réalise pour la télévision, dont, Sept femmes au Tibet, La pilule d’éternité.

Elle réalise son premier long métrage pour le cinéma, en 1990, Lung Ta les cavaliers du vent (Lung Ta) tourné au Tibet juste après les évènements de Tien An Men. Engagée politiquement et personnellement pour la cause tibétaine, elle passe plusieurs années au Népal et au Tibet où elle réalise de nombreux documentaires. Plus tard, elle tourne en Mongolie les longs métrages Molom, conte de Mongolie puis Yonden autour de la vie d’un jeune mongol. En 2009 elle réalise Tengri, le bleu du ciel au Kirghizstan. Elle écrit actuellement un long-métrage de fiction qui se passe en Sibérie au XIXe siècle, intitulé "Les Sources de l’amour", le dernier voyage de Lise C.