Brendan Eugene Sexton III est né au sein d’une famille nombreuse. Très jeune, il s’intéresse aux arts dramatiques et à la culture indépendante de la scène new-yorkaise. Il étudie à la High School for the Humanities, puis à Hunter College, tout en développant son goût pour le cinéma d’auteur.
Issu d’un milieu modeste, il s’imprègne de la diversité sociale et culturelle de sa ville, ce qui marquera plus tard sa manière d’incarner des personnages complexes.
La carrière de Sexton décolle en 1995 avec son rôle marquant dans Welcome to the Dollhouse de Todd Solondz, où il incarne Brandon McCarthy, un adolescent rebelle et violent. Ce rôle lui vaut une nomination aux Independent Spirit Awards et attire l’attention du cinéma indépendant américain.
Par la suite, il enchaîne les apparitions dans Empire Records (1995), Hurricane Streets (1997), Desert Blue (1998), La Chute du faucon noir (2001). Dans Boys Don’t Cry (1999), il campe un jeune texan extrêmement dangereux qui, en compagnie de son "ami" John Lotter, assassine Teena Brandon, une adolescente voulant être un homme.
Sexton s’impose aussi à la télévision. Il campe ainsi Belko Royce dans The Killing (2011–2012), un employé perturbé au passé tragique. Il apparaît également dans des séries à succès comme Law & Order, The Americans, Chicago P.D. et Russian Doll, où il interprète Horse, un sans-abri énigmatique, depuis 2019.
En 2019 également, il rejoint l’univers de Breaking Bad dans El Camino: A Breaking Bad Movie, incarnant Kyle, un personnage secondaire mais marquant. On le voit aussi dans Ballard et Poker Face.
Côté cinéma, Brendan Sexton III multiplie les projets, apparaissent dans le biopic Les Runaways, le thriller déjanté 7 Psychopathes, le drame The Odd Way Home ou encore le thriller Don't Breathe 2, dans lequel il campe le terrifiant méchant s'opposant à Stephen Lang. En 2025, il prend part à l'horrifique Shelby Oaks.
Laurent Schenck