Frère de Keenen Ivory Wayans, Damon Wayans et Marlon Wayans.
Issu d'une famille d'acteurs et de comiques, Shawn Wayans fait ses débuts devant la caméra en 1988 comme figurant dans I'm Gonna Git You Sucka, un hommage aux films blaxploitation signé Keenen Ivory Wayans. De 1990 à 1992, il interprète avec ce dernier la série In Living Color, primée aux Emmy Awards.
Sa carrière reste étroitement liée à celle de ses deux frangins Keenen et Marlon Wayans. Avec eux, il collabore sur de nombreuses comédies très souvent parodiques ou/et à l'humour potache : Spoof movie (1996), Scary Movie (2000), Scary Movie 2 (2001), F.B.I. Fausses Blondes Infiltrées (2003) et The Little Man (2006). Il connaît également le succès avec la série Les Frères Wayans et ne se sépare de sa fratrie que pour un seul film, le thriller New Blood (2001), qu'il interprète aux côtés de John Hurt et Carrie-Anne Moss.