Diplômé de l'Académie des Arts d'Islande, c'est sur les planches que Baltasar Kormakur s'illustre d'abord, jouant, produisant ou dirigeant des mises en scène indépendantes populaires. Jusqu'en 1997, on le retrouve souvent sur la scène du Théâtre National d'Islande, ou travaillant - la décennie suivante - pour son propre théâtre. Touche-à-tout, son amour du sixième art le conduit également à la mise en scène de pas moins de dix productions en Islande et à l'étranger, notamment des comédies musicales comme "Hair", "The Rocky Horror Picture Show" ou des drames tel que le classique shakespearien "Hamlet".

En 2000, c'est avec le film 101 Reykjavik pour lequel il s'investit corps et âme (scénariste, réalisateur, acteur et même producteur !) qu'il remporte de nombreux prix, notamment aux prestigieux festivals de Toronto et de Locarno. Grâce au succès international de cette comédie dramatique, il crée sa propre société de production, Blueeyes Productions. S'il est à l'affiche des Anges de l'univers de Fridrik Thor Fridriksson (2000) ou de No Such Thing de Hal Hartley (2001), la passion de la réalisation ne le quitte pas. Avec The Sea (2001), il propose un drame familial qui a pour cadre le monde de la pêche et les fjords.

Ses prestations en tant qu'acteur alternent ensuite entre productions "nordiques", avec Me and Morrison de Lenka Hellstedt (2001), nord-américaines, Régina ! de Maria Sigurdardottir (2002), et même franco-islandaises avec Stormy Weather de Solveig Anspach (2003). Son retour à la réalisation se produit en 2004 avec Crime City, un thriller américain dans lequel il dirige les stars Julia Stiles et Forest Whitaker. Même lorsqu'il tourne en langue anglaise, son travail est salué, puisque le film remporte le Prix de la Critique au Festival du Film Policier de Cognac.

En 2007, avec Jar City, Baltasar Kormakur revient dans sa ville natale pour y tourner un thriller sombre pour lequel il est récompensé du Prix du Meilleur réalisateur de l'année aux Edda Awards. Il faut dire que son succès est immense : avec plus de 100 000 entrées, le cinéaste rassemble autour de Jar City un tiers de la population de son pays ! Sur un ton beaucoup léger, il s'essaye l'année suivante à une comédie de mariage, White Night Wedding, qui s'inspire des personnages de la pièce "Ivanov" d'Anton Tchekov. Il signe en 2010 un nouveau thriller américain, le DTV Etat de choc avec Diane Kruger et Sam Shepard.

Il lui faut attendre Contrebande pour retrouver le chemin des salles obscures. Un projet qui lui tient particulièrement à cœur, puisqu'il s'agit de l'adaptation américaine de Reykjavik-Rotterdam (2008), un thriller qu'il produisait... et dont il était la star. Ici, c'est Mark Wahlberg qui reprend le rôle du cinéaste. Son personnage, un ancien criminel rangé des affaires, cherche à sauver sa famille - composée de Kate Beckinsale et Caleb Landry Jones -, de trafiquants de drogue. Le film est un joli succès au box-office, installant Baltasar Kormakur un peu plus dans le paysage hollywoodien.

Un an plus tard sort en France Survivre, adapté d'une histoire vraie hallucinante, celle d'un marin islandais qui est parvenu à regagner la côte à la nage dans une eau glacée. Après ce film personnel, Baltasar Kormakur revient aux grosses productions américaines en retrouvant Wahlberg dans la comédie d'action 2 Guns avec également Denzel Washington. En 2015 sort le film d'aventure au casting en or Everest qui là encore se centre sur une histoire vraie se déroulant dans un lieu extrême : celle d'alpinistes confrontés aux plus violentes tempêtes de neige que l'homme ait connues.

Baltasar Kormakur s'attaque ensuite à la romance À la dérive (2018), portée par les très en vogue Shailene Woodley et Sam Claflin, puis se consacre aux séries avec Katla et Trapped. En 2022, il revient au cinéma et au film de survie avec Beast. Pour l'occasion, il sollicite la superstar Idris Elba dans la peau d'un docteur confronté à un lion mangeur d'hommes.