John R. Pepper, qui possède la double nationalité italienne et américaine, a évolué très jeune dans le milieu du cinéma, il a notamment été acteur pour Joseph L. Mankiewicz et Joseph Losey. Il poursuit aux Etats-Unis des études d'histoire de l'art et cinématographique qui le portent aussi bien derrière que devant la caméra. En 1979, il entre à The University film school de New York. Une formation complète qui lui permet d'occuper des postes éclectiques au sein de l'univers du septième Art, il est notamment second assistant réalisateur sur Les Routes du Sud, I love you, je t'aime, Le Monde selon Garp et la comédie fantastique S.O.S. Fantomes (1984). Parallèlement il obtient de petit rôle dans Les Bronzés (1978) et Personne ne m'aime.

Entre temps, Pepper foule pendant près de 15 ans les planches de nombreux théâtres, particulièrement ceux du off Brodway, où il a mis en scène plusieurs pièces dont Cubistique, Fifth of Juley, Sister Mary entre autres. Quand il adapte en 1999 l'oeuvre culte de John Patrick Shanley, Danny and the deep blue sea, le succès est immédiat. Sous la caméra de Pepper, ce classique du théâtre new-yorkais devient au cinéma Papillons de nuit en 2002, qui signe pour l'occasion son premier long métrage.