En 1976, Rémi Waterhouse fait une petite apparition dans L'Amour viole de Yannick Bellon. Mais il se fait un nom au cinéma grâce à ses textes. Il débute en 1983 en travaillant sur le scénario de La Triche encore de Yannick Bellon, avec qui il travaille à deux autres reprises (Les Enfants du desordre et L' Affut ). Sa première réalisation est un court métrage intitulé La Conquête des étages (1986). C'est avec l'adaptation au cinéma de son roman Ridicule par Patrice Leconte qu'il connaît le succès en 1995 en tant qu'auteur et dialoguiste.

Après quelques collaborations en tant que scénariste au cinéma et à la télévision, notamment avec Gabriel Aghion sur Avocat d'office pour TF1 et sur le remake Absolument fabuleux, Rémi Waterhouse réalise enfin son premier long métrage Je regle mon pas sur le pas de mon pere, l'histoire d'un fils en quête d'un père avec en têtes d'affiche Jean Yanne et Guillaume Canet. Son deuxième film, Mille millièmes, fantaisie immobilière, est une peinture sociale de la colocation au sein d'un immeuble. Une comédie mordante qui brocarde les petites mesquineries humaines.