Australien de naissance, Stuart Beattie fait ses études à la Knox Grammar School (Sydney, Australie) et plus tard à la Charles Stuart University (Bathurst, Australie). Au début des années 90, il voyage à Los Angeles dans le cadre d'une année d'études sur l'écriture de scénario ; cette expérience l'ancre un peu plus dans l'industrie cinématographique. Après avoir écrit pour quelques longs-métrages australiens (Joey en 1997, The Protector en 1998 et Kick en 1999), il est contacté par Jerry Bruckheimer pour assurer le scénario du premier volet de la saga Pirates des Caraïbes. Le succès inattendu du film va dès lors ouvrir plusieurs perspectives à Stuart Beattie. C'est ainsi qu'on le retrouve à l'écriture de longs-métrages relativement importants tels que Collateral (2004), 30 Jours de Nuit (2007), Australia (2008) ou bien encore G.I. Joe : Le Reveil du Cobra (2009). 

En 2010, il réalise son premier long-métrage, Demain, quand la guerre a commencé, adaptation du roman éponyme de James Marsden. Quatre ans plus tard, on le retrouve à la réalisation et au scénario d'I, Frankenstein, blockbuster tiré du comic-book de Kevin Grevioux.