Formé à l'animation et au graphisme au sein de La Cambre, l'école supérieure d'Art de Bruxelles, Alain Berliner entame ensuite des études de réalisation à l'INSAS. Diplômé, il commence par réaliser des courts métrages, parmi lesquels Rose, qui entame sa collaboration avec Daniel Hanssens, un comédien qu'il fera tourner à deux reprises.

En 1997, un petit garçon nommé Ludovic crée l'évènement en criant haut et fort son désir d'être une fille. Présenté à la Quinzaine des réalisateurs du Festival de Cannes, Ma vie en rose obtient l'année suivante le Golden Globe du meilleur film étranger. A la suite de ce succès, Alain Berliner reçoit de nombreux scénarios et en 1999, traverse l'Atlantique pour réaliser D'un rêve à l'autre, un film fantastique avec Demi Moore et Stellan Skarsgard.

Après avoir utilisé ses scénarios sur de nombreux téléfilms, la télévision l'appelle ensuite à exercer ses talents de réalisateur. En 1998, il met en scène Le Mur pour Arte, suivi en 2003 de La Maison du Canal, l'adaptation d'un roman de Georges Simenon dans laquelle Isild Le Besco donne la réplique à Jean-Pierre Cassel. Il retrouve ce dernier en 2007 dans J'aurais voulu être un danseur, offrant au comédien l'un de ses derniers rôles, au sein d'une comédie musicale à la française au parfum de Broadway.