Diplômé de littérature anglaise et de théâtre à l'université de Denison (Ohio) en 1964, Michael Eisner débute sa carrière en travaillant au sein des chaînes américaines NBC et CBS. Le directeur d'ABC, Barry Diller, le recrute alors en tant que directeur de la programmation national. Son évolution au sein de la chaîne est rapide et Eisner se retrouve vice-président de la programmation et du développement.

En 1976, Diller quitte ABC pour la Paramount Pictures et entraîne Michael Eisner avec lui en le nommant président des studios cinéma. Durant son mandat, le studio produit de nombreux films à succès comme Grease, La Fievre du samedi soir ou encore les premiers Star Trek, ainsi que les séries télévisées Happy Days - Les jours heureux et Cheers. Après le départ de Diller en 1984 et malgré la volonté de celui-ci de voir son protéger prendre sa succession, Michael Eisner décide à son tour de quitter la Paramount pour prendre la tête de la Walt Disney Company. Après la mort de Walt Disney en 1966, Sid Bass et Roy E. Disney voit en Eisner la personne pouvant remettre le studio à flot. Du milieu des années 80 à la fin des années 90, Disney connaît ainsi un nouvel "âge d'or" et acquiert un catalogue de film pour adulte grâce à sa fusion avec la Miramax, ainsi que des programmes télé avec le rachat de ESPN. En 2003, Roy E. Disney démissionne de ses fonctions de PDG de Walt Disney Feature Animation accusant Eisner de faire des affaires dans son dos. Ainsi en mars 2003, 43% des actionnaires de Disney suivent Roy Disney afin de s'opposer à la réélection de Michael Eisner à la tête du studio. Ce-dernier décide donc de mettre un terme à son contrat deux ans plus tard.

En 2006, Michael Eisner entame une reconversion et annonce dès janvier la création de son émission de télévision, Conversations with Michael Eisner. En parallèle, il achète la société Team Baby Entertainments spécialisée dans la production de dvd sur des évènements sportifs universitaires. La même année, il participe au long-métrage documentaire réalisé par Sydney Pollack, Esquisses de Frank Gehry, intervenant sur l'oeuvre de l'architecte américain Frank O. Gehry.