La galaxie est en proie à la Guerre des Clones qui oppose les maléfiques Séparatistes et leurs immenses armées d'androïdes à la République. Les Chevaliers Jedi luttent pour maintenir l'ordre et restaurer la paix tandis que de nouvelles planètes succombent chaque jour aux puissances du mal.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
A Tokyo, les gangs font la loi. Dans le quartier de Shibuya, le clan de Saru règne en maître... Tandis que les règlements de comptes se font de plus en plus impitoyables, la ville va sombrer dans le chaos...
L'équipe d'intervention tactique est mobilisée en cas d'incidents violents, tels que des car-jackings, des suicides ou des braquages. Entraînés pour ce genre de situations, les membres de cette section tiennent des vies entre leurs mains.
Ichigo, un ado de 15 ans ayant la faculté de communiquer avec les âmes errantes, se voit assigner la mission d'affronter les "Hollows", esprits monstrueux qui se nourissent des humains et des fantômes...
Yugi est un jeune lycéen timide, secret et foncièrement gentil. Trop gentil diront certains, mais certainement pas Joey, Tristan et Téa, ses meilleurs amis. Avec eux, il partage la passion d'un jeu de cartes : Le Duel de Monstres, créé par le mystérieux Maximilion Pégasus.