Quatre frères et soeurs vivent avec leur mère. L'ainé, Akira, s'occupe de ses jeunes frères et soeurs, chacun d'un père différent. Un matin d'hiver, leur mère disparaît et les enfants commencent à vivre seuls.
Dans une maison de tolérance du quartier des plaisirs de Tokyo, cinq femmes se vendent aux passants alors qu’une loi limitant la prostitution est sur le point d’être votée. Chacune rêve d'échapper à sa condition et de connaître une vie meilleure.
Au nord du pays, dans la minuscule île de Shikotan, la vie s'organise entre la reconstruction et la peur de l'invasion. Ce petit lot de terre, éloigné de tout, va finalement être annexé par l'armée russe. Commence alors une étrange cohabitation entre les familles des soldats soviétiques et les habitants de l'île.
Hiroshima – 6 Août 1945. La vie suit son cours, comme tous les jours. Un terrible éclair déchire le ciel. Suivi d’un souffle terrifiant. Et l’Enfer se déchaîne. Des corps mutilés et fantomatiques se déplacent parmi les amas de ruines. Au même moment, Yasuko faisait route sur son bateau, vers la maison de son oncle.
Chine, VIIIe siècle. L’Empereur Huan Tsung est inconsolable depuis la mort de l’Impératrice, délaissant les charges de l'Etat. Seule la musique lui apporte encore quelque joie. Un jour, on lui présente une jeune fille d’origine modeste qui ressemble à sa défunte épouse. D’abord réticent, l’Empereur est rapidement charmé par sa beauté et sa sincérité…
Dans le Japon du XVIe siècle, le seigneur Hidetora Ichimonji décide de se retirer et de partager son domaine entre ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo. Mais la répartition de cet héritage va déchirer la famille.
Dans ce quatrième et ultime opus d'Evangelion, la WILLE débarque à Paris, ville détruite par une catastrophe nucléaire. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement et dispose de seulement 720 secondes pour reconstruire la ville. Quand une horde de Nerv Evas surgit, l'unité 8 Eva de Mari doit les intercepter. De leur côté, Shinji, Asuka et Rei continuent à errer au Japon.
Tokue, une femme de 70 ans, va tenter de convaincre Sentaro, le vendeur de dorayakis, de l’embaucher. Tokue a le secret d’une pâte exquise et la petite échoppe devient un endroit incontournable...
Umi est une jeune lycéenne qui vit dans une vieille bâtisse perchée au sommet d’une colline surplombant le port de Yokohama. Chaque matin, depuis que son père a disparu en mer, elle hisse face à la baie deux pavillons, comme un message lancé à l’horizon. Au lycée, quelqu’un a même écrit un article sur cet émouvant signal dans le journal du campus. C’est peut-être l’intrépide Shun, le séduisant jeune homme qu’Umi n’a pas manqué de remarquer. Attirés l’un par l’autre, les deux jeunes gens vont partager de plus en plus d’activités, de la sauvegarde du vieux foyer jusqu’à la rédaction du journal. Pourtant, leur relation va prendre un tour inattendu avec la découverte d’un secret qui entoure leur naissance et semble les lier…