Après des études de lettres, de philosophie et d'arts plastiques, Jeanne Labrune travaille comme réalisatrice pour la télévision. Son premier long métrage De sable et de sang est une histoire d'amitié sur fond de corrida. Le film est sélectionné dans la section "Un Certain regard" à Cannes en 1987.

La cinéaste signe ensuite un huis-clos familial dramatique avec Sans un cri en 1991 puis une histoire d'amour passionnelle et destructrice avec Si je t'aime, prends garde à toi en 1998. A partir de 1992, elle écrit le scénario de Vatel mais ne trouvant pas de financement, elle finit par le vendre à la société Légende production qui en confie la réalisation à Roland Joffé.

Jeanne Labrune change totalement d'orientation en s'attaquant à la comédie ou plutôt "la fantaisie" selon ses propres termes, avec la trilogie formée par Ca ira mieux demain (2000), C'est le bouquet !(2002), puis Cause toujours ! (2004). Une commode dans le premier film, un bouquet dans le second, une mite dans le troisième sont les détonateurs d'une série de quiproquos et de situations inattendues révélant l'absurdité de notre société. Des vedettes telles que Nathalie Baye, Sandrine Kiberlain, Sylvie Testud ou encore Jean-Pierre Darroussin, le comédien fétiche de la cinéaste, s'y lancent des répliques acides, truffées de références psychanalytiques. C'est d'ailleurs en accentuant cette inspiration que sa carrière se poursuit: en 2010, elle forme le duo Isabelle Huppert / Bouli Lanners pour son film Sans queue ni tête, l'histoire d'un couple en plein émoi identitaire, relié par une psychanalyse.