Neil Jordan débute sa carrière loin des plateaux de cinéma. Créateur de l'Irish Writers' Co-operative en 1974, c'est en tant qu'écrivain que l'homme se révèle, avec notamment le recueil de nouvelles Night in Tunisia publié en 1976, qui reçoit le Guardian Fiction Prize. En 1981, Neil Jordan est engagé comme consultant créatif sur Excalibur que réalise John Boorman. Une rencontre qui change le cours de sa vie. C'est en effet John Boorman qui produit Angel, sa première réalisation, en 1982. A l'affiche, déjà, le comédien Stephen Rea, fidèle collaborateur de Neil Jordan tout au long de sa carrière.

C'est en 1984 que le néo-metteur en scène se révèle au grand public avec La Compagnie des Loups, adaptation sombre et fantastique du Petit chaperon rouge, salué notamment par le Grand Prix du Festival d'Avoriaz. Deux ans plus tard, le thriller Mona Lisa installe définitivement Neil Jordan aux yeux de la critique. Le film, noir et romantique, vaut à son acteur principal Bob Hoskins le Prix d'interprétation masculine du Festival de Cannes, le Golden Globe et le BAFTA du meilleur acteur.

Remarqué par Hollywood, Neil Jordan tente l'aventure américaine à la fin des années 80. Mais High spirits (1988) et Nous ne sommes pas des anges avec le duo Robert De Niro - Sean Penn (1989), deux comédies, ne convainquent pas réellement. A son retour en Irlande, Neil Jordan s'attaque à The Crying Game, sombre manipulation au sein de l'IRA qu'il écrit lui-même. Acclamé par de nombreux critiques, le film gagne l'Oscar du meilleur scénario original ainsi que cinq autres nominations (dont meilleur film et meilleur réalisateur) et cumule les récompenses de fin d'année en 1992. Deux ans plus tard, Neil Jordan retrouve le genre fantastique en adaptant l'oeuvre d'Anne Rice dans Entretien avec un vampire où il dirige Tom Cruise et Brad Pitt avec deux nouvelles nominations aux Oscars à la clé.

En 1996, le cinéaste s'attache à l'Histoire de son pays natal dans la fresque Michael Collins consacrée au père de l'indépendance irlandaise et récompensée du Lion d'or du Festival de Venise, puis se consacre à Butcher Boy, adaptation du roman homonyme de l'écrivain Pat McCabe, qui lui vaut l'Ours d'argent du meilleur réalisateur au Festival de Berlin 1998. Changement de direction après le thriller Premonitions en 1999, avec le drame romantique La Fin d'une liaison tirée du roman de Graham Greene, puis avec L'Homme de la Riviera, actualisation de Bob le flambeur réalisé en 1955 par Jean-Pierre Melville, en 2003.

Début 2006, il revient avec Breakfast on Pluto, nouvelle adaptation d'un roman de Pat McCabe. Ce film intimiste et personnel lui permet de revenir sur les traces de sa jeunesse, puisque l'histoire se déroule dans les années 70 et raconte les tribulations de Cillian Murphy, jeune transsexuel à la recherche de sa mère. Il fait de nouveau un détour par les Etats-Unis en mettant en scène Jodie Foster en quête de vengeance dans le thriller A vif (2007), avant de revenir une fois de plus à son Irlande natale avec le conte Ondine, qui dépeint l'histoire d'amour entre un pêcheur (Colin Farrell) et une sirène.

Neil Jordan se consacre ensuite à la réalisation de la série The Borgias avec Jeremy Irons, revenant occasionnellement au cinéma. Ainsi, il met en scène seulement 2 longs-métrages en 10 ans, le drame Byzantium et Greta, un thriller psychologique avec Isabelle Huppert.