Diplômé de l'IDHEC et Licencié de Lettres, Bertrand Van Effenterre entre dans le cinéma en tant qu'assistant de Jacques Rivette et de Jean Eustache (Mes petites amoureuses) .

Il écrit, réalise et produit lui même ses deux premiers longs métrages : Erica Minor en 1973, avec Brigitte Fossey , Juliet Berto et Edith Scob, puis en 1978 Mais ou est donc Ornicar? , avec Géraldine Chaplin, Jean-François Stévenin et à nouveau Brigitte Fossey . Ses deux films sont des chroniques de vies croisées . Son épouse Joële van Effenterre réalise le montage de Mais où est donc ornicar .

En 1983, il écrit, réalise et produit Le bâtard, avec notamment Gérard Klein . Côté coeur côté jardin en 1984 marque sa deuxième collaboration avec Jean-François Stévenin .

5 ans plus tard sort Tumultes, drame familial avec Bruno Cremer . En 1992, Bertrand van Effenterre réalise Poisson-Lune, qui traite du choc de la culture française et de la culture maghrébine . Il retrouve Robin Renucci, déjà à l'affiche de Côté coeur côté jardin .

En 2003, Bertrand van Effenterre change de registre : il tourne sa première comédie, Tout pour l'oseille, qui doit sortir en mai 2004 .

Bertrand van Effenterre est également connu en tant que producteur, notamment de longs métrages : Biquefarre réalisé par Georges Rouquier en 1983, Double messieurs de Jean-François Stévenin en 1985, Histoires d'Amerique de Chantal Akerman en 1988 et enfin Brodeuses de Eleonore Faucher en 2004 .

Il a aussi produit de nombreux documentaires de Richard Leacock, Chantal Akerman , Joële van Effenterre ...