Partageant ses réalisations et ses productions entre l’Espagne et la France, Miguel Courtois Paternina montre un goût certain pour les films d’action et les enquêtes policières. En effet, en 1987, il réalise Preuve d'amour, où Gérard Darmon tente d’élucider le meurtre d’un de ses amis. Il retrouve l’acteur en 1993 pour le téléfilm Le Sang des innocents. Le réalisateur continue de travailler pour la télévision en réalisant de nombreux téléfilms ainsi que des épisodes de séries (La Crim', La Bastide blanche). Puis il retourne au cinéma en retraçant le difficile parcours d’une jeune femme (Elsa Zylberstein) sortant de prison dans Un Ange.

El Lobo, sa première réalisation espagnole, est remarquée puisqu’il remporte deux Goya en 2005. Par la suite, le réalisateur propose GAL, où il retrace les affrontements quotidiens entre l’ETA et le Groupe Antiterroriste de Libération dans l’Espagne des années 80. En 2008, il renouvelle le genre policier avec Skate or Die dont les deux jeunes héros, témoins d’un triple homicide, sont poursuivis à travers la capitale française par des policiers véreux.

Sa formation journalistique et notamment son expérience au sein de l’agence SIGMA le poussent à se focaliser sur des sujets d’actualité comme dans Le Piège Afghan, avec Marie-Josée Croze dans le rôle d’un médecin militaire en Afghanistan. En 2012, il réalise Operación E en Colombie. Inspiré d’une histoire vraie, ce long métrage retrace l’histoire de Clara Rojas, otage des FARC entre 2002 et 2008, et celle de son fils Emmanuel, né dans la jungle en 2004.