Scott Charles Stewart débute sa carrière cinématographique en tant que spécialiste des effets visuels. L'Américain participe ainsi à la création des effets de nombreux films à succès et blockbusters du milieu des années 90 jusqu'en 2008. Le technicien travaille notamment sur Mars Attacks!, Le Monde Perdu, Sin City, Superman Returns, Pirates des Caraïbes : le Secret du Coffre Maudit, Die Hard 4 - retour en enfer ou Iron Man.

Fort de cette prolifique expérience, Scott passe à la réalisation en 2009 avec Légion - L'Armée des anges. Dans ce film d'action fantastique, le metteur en scène dirige Paul Bettany dans la peau de l'Archange Michel. Deux ans plus tard, Stewart reste dans le registre fantastique sur fond de religion avec Priest, sorte de western post-apocalyptique new-age où s'affrontent Prêtres vengeurs et vampires sanguinaires. Dans cette adaptation d'une BD de Min-Woo Hyung, le cinéaste dirige une nouvelle fois Paul Bettany.

En 2013, Scott poursuit dans le domaine du fantastique/horreur/SF avec l'angoissant Dark Skies, sur fond d'enlèvements d'humains par des extra-terrestres.