Après avoir joué pour la télévision, Eiji Okuda débute au cinéma en 1979 dans Motto shinayaka ni, motto shitataka ni de Toshiya Fujita. Il tourne ensuite deux films mais s'éloigne des plateaux plusieurs années avant de revenir pour s'imposer en jeune médecin faisant des expériences sur des prisonniers américains dans La Mer et le poison (Ours d'argent au Festival de Berlin 1987). Sa première expérience avec le réalisateur Kei Kumai a depuis engendré cinq autres films dont La Mort d'un maître de thé (Lion d'argent au Festival de Venise 1989) dans lequel il interprète le disciple du célèbre maître japonais Rikyu.

Dans les années 90, Eiji Okuda collabore notamment à trois reprises avec Rokuro Mochizuki, créateur de films atypiques sur les yakuzas dont Gokudo kisha (1993) et Minazuki (1999). Mais c'est d'avoir tourner sous la direction de Tatsumi Kumashiro dans Bedtime eyes (1987) et La Tristesse d'un idiot (1994) qui marque le plus l'acteur. Disant de lui qu'il "essayait toujours de montrer la partie le plus profonde de l'être humain", Eiji Okuda veut s'en souvenir pour mener à bien sa première réalisation en 2001 : Une adolescente, sur la vie d'un policier bouleversée par sa rencontre avec une troublante jeune fille.