Daphne Zuniga est élevée par un père professeur de philosophie originaire du Guatemala et une mère ministre du culte unitarien. Après la séparation de ses parents, elle passe une partie de son adolescence dans le Vermont avant de revenir sur la côte Ouest pour concrétiser sa passion précoce du jeu. Elle peaufine son art dramatique dès son plus jeune âge en intégrant les cours du réputé American Conservatory Theater de San Francisco. Elle consolide ensuite sa formation théâtrale à l'université de Californie à Los Angeles, tout en faisant ses débuts devant la caméra.

Après des apparitions au cinéma dans des films marquants comme La Folle Histoire de l'espace de Mel Brooks ou le film fantastique La Mouche 2, l'actrice accède à la notoriété mondiale au début des années 1990. En 1992, elle décroche le rôle de la photographe indépendante et tourmentée Jo Reynolds dans la série phénomène Melrose Place. Durant quatre saisons, son personnage s'impose parmi les figures les plus emblématiques de la célèbre résidence. Ce rôle majeur assoit durablement sa popularité auprès du grand public international.

Fidèle au petit écran, elle enchaîne les compositions notables au cours des années 2000. Elle prête d'abord ses traits à Shelly Pierce dans la chronique nostalgique Mes plus belles années, avant de devenir la cheffe de famille Lynn Kerr dans la série dramatique Beautiful People. En 2008, elle marque les esprits en intégrant l'univers des Frères Scott dans le rôle marquant de Victoria Davis. Elle y campe avec brio la mère glaciale, impitoyable et sarcastique de Brooke, un personnage récurrent qu'elle fait évoluer jusqu'au dénouement du programme.

Parallèlement à ses rôles au sein de la petite lucarne, Daphne Zuniga est devenue une figure incontournable des téléfilms américains, en particulier pour les chaînes câblées. Elle y explore tous les registres, menant des thrillers à suspense tels que La Lettre de Kelly ou Une photo compromettante, ainsi que diverses comédies romantiques et fictions saisonnières. Très engagée par ailleurs dans les combats environnementaux au sein d'organisations écologiques, elle poursuit régulièrement sa carrière sur les plateaux, s'essayant également à la réalisation.