Après des études secondaires (Bac Littéraire), Jean-François Lepetit fait un IUT carrière sociale et des études de sociologie à l'Université de Bordeaux III.

A 15 ans, il avait déjà fondé un ciné-club à Bordeaux. Il deviendra plus tard responsable de la cinémathèque régionale de la Ligue de l'Enseignement. Dans ce cadre, il organise plusieurs manifestations de promotion et de valorisation du cinéma en Aquitaine, dont la première université d'été de la communication avec le Crepac d'Aquitaine.

En 1982, il monte à Paris pour travailler dans la distribution, d'abord aux Films Molière puis à la Twentieth Century Fox. L'année suivante, il crée sa propre maison de distribution, Flach Film, qui se tournera très rapidement vers la production. Il démarre ainsi avec le réalisateur Jacques Doillon en produisant La vie de famille (1985) et prend ensuite le pari de produire Trois hommes et un couffin de Coline Serreau à la lecture d'un synopsis de trois pages. Sa carrière de producteur est lancée...

On le verra même en tant qu'executive producer pour le compte de Disney sur Three men and a baby (1987) de Leonard Nimoy, remake du film de Coline Serreau, et sa suite Three men and a little lady (1990) d'Emile Ardolino ainsi que sur Paradise (1991) de Mary Agnes Donoghue, remake du Grand chemin de Jean-Loup Hubert.