Henry Thomas fait ses débuts au cinéma en 1981, à l'âge de 10 ans, dans le drame
Raggedy man aux côtés de
Sissy Spacek et
Sam Shepard. L'année suivante, c'est la révélation et le succès mondial avec
E.T. l'extraterrestre de
Steven Spielberg, dans lequel il incarne l'ami humain du gentil
alien. Un film entré dans l'histoire du cinéma et du box-office (respectivement 400 et 700 millions de dollars aux Etats-Unis et dans le monde).
En 1984, il donne la réplique à
Gene Hackman dans le drame
Besoin d'amour de
Jerry Schatzberg, avant de tourner des films d'aventures pour jeune public (
Cloak & dagger (1984) ou
The Quest (1986)). Toutefois, il s'oriente déjà vers des films à tendance plus indépendante, et incarne notamment Danceny dans
Valmont de
Milos Forman.
Parallèlement, il entame au début des années quatre-vingt-dix une carrière sur le petit écran, et joue dans quelques téléfilms dont Psychose 4 dans lequel il interprète Norman Bates jeune. Au cinéma, il alterne productions modestes (
Fire in the sky (1993),
Curse of the starving class (1994),
Fever (1999)) et longs métrages plus conséquents (
Legendes d'automne (1994) ou
Suicide Kings en 1997).
En 2000, Henry Thomas revient sur le devant de la scène internationale avec
De si jolis chevaux de
Billy Bob Thornton où il côtoie
Matt Damon et
Penélope Cruz, et multiplie les films indépendants (
The Quickie ou
Briar patch). En 2002, il rejoint deux
castings de haut vol : la comédie romantique
I'm with Lucy avec
Monica Potter,
David Boreanaz,
Anthony LaPaglia,
Julie Christie,
Harold Ramis et
John Hannah, et le
Gangs of New York de
Martin Scorsese avec
Leonardo DiCaprio,
Daniel Day-Lewis,
Cameron Diaz et
Liam Neeson.
Une année qui marque également ses retrouvailles avec E.T., pour la ressortie du film dans une nouvelle version remasterisée et comportant des scènes inédites.