Fils de Jane Breckenridge, conseillère financière et programmeuse, et de Michael Eisner, producteur pour Walt Disney, Breck Eisner se dirige vers des études de réalisation filmique et obtient un diplôme de maîtrise dans cette branche. Il réalise un film de fin d'études en 1994 : "Recon", porté par un certain Peter Gabriel dans la peau d'un détective utilisant une nouvelle technologie dans le but de mettre la main sur un redoutable tueur en série.

Après être passé par la case télévision en réalisant deux épisodes des séries Disparition et Invisible Man, Breck Eisner met en scène le film d'action La Voix des crimes pour le grand écran en 2003, et est ensuite choisi pour être aux commandes du blockbuster d'aventure Sahara, avec la superstar Matthew McConaughey, qui se solde par un échec au box office.

Breck Eisner revient ensuite en 2010 à un projet plus personnel. Avec The Crazies, film d'horreur se déroulant dans une petite ville américaine en proie à un virus se répandant et transformant ses habitants en assassins, il démontre une certaine aisance dans le genre. Quatre ans plus tard, le cinéaste se colle à la mise en scène de Le Dernier chasseur de sorcières produit pour un budget de 90 millions de dollars. On y suit le combat d'un chasseur de sorcières immortel campé par un Vin Diesel au look improbable et en très grande forme.