Kagome Higurashi, une jeune collégienne, s'apprête à fêter ses 15 ans lorsqu'elle se fait enlever par un monstre surgi du puits qui se trouve au fond du Temple familial. Elle découvre alors que ce puits est en fait un passage vers une autre époque et se retrouve emportée malgré elle dans le Japon féodal...
Le jeune Comte Ciel Phantomhive, un aristocrate anglais du XIXe siècle, âgé de 12 ans et ayant perdu ses parents dans un mystérieux incendie, se voit devenir l'héritier de l'entreprise de jouet et friandises Phantom.
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.