Après deux ans et demi d'entraînement, Naruto retrouve ses camarades de l'Académie de Konoha. Hélas, les retrouvailles sont de courte durée. Gaara est menacé. Tout porte à croire que l'Akatsuki soit à l'origine de l'attaque.
Alors qu'il traverse un cimetière pour prendre un raccourci, le jeune lycéen Oyamada Manta découvre qu'il a la faculté de voir et d'entendre les fantômes qui n'ont pas encore rejoint l'au-delà. Sa surprise ne s'arrête pas là, puisqu'il fait à cette occasion, la connaissance de Asakura Yoh, un autre jeune garçon à l'allure nonchalante qui se révèle être un Shaman.