Madre est adapté du court du même nom, qui a été sélectionné dans de nombreux festivals et nommé aux Oscars. Conscient que ce court ferait une grande scène d'ouverture de long-métrage, et désireux de retrouver le personnage d'Elena, Rodrigo Sorogoyen a voulu poursuivre son histoire dans Madre : « On a mis tant d’effort à raconter la tragédie d’Elena que les principaux responsables, la productrice María del Puy Alvarado, l’actrice Marta Nieto et moi-même, avons toujours pensé qu’on devait quelque chose à cette histoire et à ce personnage ». Le film ne raconte pas ce qui se passe immédiatement après le court-métrage mais se situe dix ans après.
Le court-métrage Madre est un thriller, tout comme les deux précédents longs de Rodrigo Sorogoyen, Que Dios Nos Perdone et El Reino. Avec Madre, le réalisateur change de registre et se frotte à un genre plus intimiste : « Le premier grand handicap se présentait à nous. Comment satisfaire un spectateur qui voit ce court-métrage et à qui nous n’offrons pas ce qu’il attend (la résolution de cette aventure) ? En lui offrant mieux. Le défi était donc double. Après avoir passé cinq ans à travailler sur deux thrillers d’assez grande envergure [...], nous avions tous les deux le désir de revenir à une histoire intime, de personnages ».
« Quand on a commencé à évoquer l’histoire du personnage d’Elena, je me souviens qu’on parlait d’elle comme si elle était folle. Grave erreur de notre part. Au-delà du fait que ce terme devrait être utilisé avec beaucoup de précaution et de respect, voire simplement ne pas être employé, l’utiliser pour notre personnage nous éloignait irrémédiablement d’elle », explique le réalisateur. Il était important pour lui de ne pas stigmatiser son héroïne, au risque d'éloigner le spectateur.
À l'instar des deux précédents films de Rodrigo Sorogoyen, on retrouve dans Madre l'usage des plans-séquences. Pour le réalisateur, c'est l'élément cinématographique qui ressemble le plus à la vie : « Le cinéma est l’imitation de la vie. Mais dans cette construction de la réalité, le montage a toujours été nécessaire pour assembler un plan à un autre. On pourrait dire que le montage est cinéma, il est langage, mais que le plan-séquence (c’est-à-dire l’absence de montage) est la vie ou la meilleure imitation possible de celle-ci ».