Fils d'Alex Joffé, Arthur Joffé se passionne pour la photographie dès ses treize ans. Etudiant à l'IDHEC, il gagne sa vie comme photographe de presse puis co-réalise avec Emilio Pacull un documentaire sur le travail de John Cassavetes, Milos Forman et François Truffaut. Après avoir été cameraman en 1978-1979, il écrit et réalise de 1980 à 1982 plusieurs courts métrages dont La Découverte, qui révèle le comédien Dominique Pinon, et Merlin ou le cours de l'or, qui obtient la Palme d'or du court métrage à Cannes en 1982. En 1983, il signe le moyen métrage Casting, couronné du Prix de la jeunesse au Festival de Cannes.

Prix de Rome cinéma en 1982 pour l'ensemble de ses courts, Arthur Joffé s'installe à la Villa Médicis et écrit le scénario de Harem, une histoire d'amour située dans le désert saoudien et interprétée par Nastassja Kinski et Ben Kingsley. Le film totalise un million d'entrées en France et remporte cinq nominations aux César. En 1990 débute une fructueuse collaboration entre le cinéaste et l'acteur Sergio Castellitto qui donnera naissance à trois comédies : Alberto express en 1990 (qui sera retenu dans la liste des dix meilleurs films de l'année lors de sa sortie aux Etats-Unis) ; Que la lumière soit ! en 1998, fable sur le cinéma dédiée par le réalisateur à la mémoire de son père qui offre à Hélène De Fougerolles une nomination au César du Meilleur Espoir ; et Ne quittez pas ! en 2004, présenté dans de nombreux festivals à travers le monde.