Fils unique d'une avocate et d'un historien de l'art, Rupert Friend passe une enfance morne dans un petit village du Oxfordshire. Lui qui découvre le cinéma à travers Indiana Jones et la Dernière Croisade, intègre à l'adolescence un groupe de rock comme guitariste. Se destinant à la comédie, il prend des cours à la Webber Douglas Academy of Dramatic Arts de Londres.

Alors qu'il est encore étudiant, Rupert Friend obtient un premier rôle au cinéma face à Johnny Depp dans Rochester, le dernier des libertins avant de donner la réplique à Keira Knightley - qui deviendra sa compagne jusqu'en 2010 - dans Orgueil et préjugés (2005). Le jeune premier semble se spécialiser dans les films d'époque, entre chute de l'Empire romain (La Dernière légion) et Seconde Guerre mondiale (il campe un lieutenant nazi dans Le Garçon au pyjama rayé).

En 2009, l'acteur aux traits androgynes séduit la courtisane d'âge mûr Michelle Pfeiffer dans Chéri, adaptation du roman de Colette par Stephen Frears, et se glisse dans la peau du Prince Albert, l'époux de la Reine Victoria (Emily Blunt). Dans Lullaby aux côtés de Clémence Poésy, il ôte le costume d'époque, pour revêtir les habits d'un chanteur de jazz esseulé et reclus dans sa chambre d'hôtel, incapable de créer depuis la mort de sa femme.

Il devient ensuite un journaliste américain confronté à la guerre entre la Géorgie et la Russie en 2008, dans Etat de guerre de Renny Harlin. Mais c'est à la télévision que le succès l'attend : Rupert Friend y décroche en 2012 un rôle régulier dans la série à succès Homeland où il incarne (dès la deuxième saison) l'agent d'élite Peter Quinn, chargé de continuer l'enquête sur le traître supposé Nicholas Brody aux côtés de Carrie Mathison (Claire Danes).

Ce succès télévisuel n'empêche cependant pas l'acteur de continuer à travailler pour le grand écran : en 2014, dans Les poings contre les murs de David Mackenzie, il joue un psychologue de prison qui tente d'aider le personnage principal à maîtriser ses accès de violence. Rupert renoue ensuite avec les premiers rôles dans le film d'action Hitman : Agent 47 d'Aleksander Bach, remplaçant Paul Walker tragiquement décédé dans un accident de voiture fin 2013. 

Second rôle prisé au cinéma, le natif de Oxfordshire apparaît dans La Mort de Staline, At Eternity's Gate, L'Ombre d'Emily, Infinite, Waldo, détective privé et Rebel Moon. Il tourne aussi à plusieurs reprises pour Wes Anderson (The French Dispatch, Asteroid City, The Wonderful Story of Henry Sugar). Côté séries, il campe le député James Whitehouse dans Anatomie d'un scandale et le Grand Inquisiteur dans Star Wars: Obi-Wan Kenobi.