Lara Flynn Boyle s'est dirigée dès ses études vers le milieu artistique, en devenant une brillante élève de la Chicago Academy for the Arts. Une fois son diplôme obtenu, la jeune femme s'installe avec sa mère à Los Angeles, où elle décroche son premier rôle au cinéma dans Poltergeist III en 1988. Elle devient l'année suivante l'une des élèves de Robin Williams pour Le Cercle des poètes disparus.

La consécration de la comédienne est tout d'abord télévisuelle. Lara Flynn Boyle est effet l'une des figures récurrentes de la série télé Twin Peaks, dont David Lynch signe la réalisation de l'épisode pilote. Elle refuse de participer à l'adaptation cinématographique du cinéaste en 1992, gênée par les nombreuses scènes de nudité, et privilégiant la comédie Wayne's World avec Mike Myers. Au cinéma, elle trouve son premier grand rôle cette même année dans le film noir Red Rock West de John Dahl, en interprétant une femme manipulatrice et vengeresse. Souhaitant toutefois se démarquer de ce genre de rôles, Lara Flynn Boyle n'hésite pas à jouer dans des comédies familiales, comme dans Bébé part en vadrouille en 1994.

Après quelques années où l'actrice alterne les tournages pour le cinéma et la télévision, Lara Flynn Boyle retrouve le devant de la scène grâce à Happiness en 1998, où elle parodie son image de femme glaciale et castratrice, ainsi que dans MIIB, où elle interprète une séduisante extra-terrestre mangeuse d'hommes.