Après des études de réalisation à l'IAD, Frédéric Fonteyne dirige quatre courts métrages, tous écrits par Philippe Blasband : Bon anniversaire Sergent Bob (1988), Les Vloems (1989), La Modestie (1991) et Bob le déplorable (1993). Après avoir mis en scène pour le théâtre la pièce Jef en 1995, il se lance en 1998 dans la réalisation de son premier long métrage, Max et Bobo, une comédie dramatique sur la crise existentielle du gérant d'un salon de coiffure.

L'année suivante, Frédéric Fonteyne réunit devant sa caméra Nathalie Baye et Sergi Lopez pour Une liaison pornographique (1999), sélectionné à la 56e Mostra de Venise. Fort de son succès, il attend toutefois quatre ans avant d'adapter au cinéma le roman La Femme de Gilles de Madeleine Bourdouxhe, avec Emmanuelle Devos et Clovis Cornillac dans les rôles-titres.