Adolescent cinéphile originaire de Marseille, Emmanuel Mouret monte à Paris où il prend des cours d'art dramatique, enchaîne les petits boulots sur des tournages, et intègre la FEMIS (département réalisation). La prestigieuse école de cinéma, dont il sort diplômé en 1998, lui permet de signer une poignée de courts métrages, ainsi qu'un moyen métrage, Promène-toi donc tout nu !, son film de fin d'études, qui bénéficie d'une sortie en salles en 1999. Dès ce coup d'essai, un subtil marivaudage salué par la critique, il impose un ton et un univers.

Héritier de Rohmer, Guitry et Woody Allen, le cinéaste joue souvent, comme ces deux derniers, le rôle principal de ses films, un jeune homme candide et maladroit. Il incarne ainsi, aux côtés de Marie Gillain, le héros de son premier long métrage, Laissons Lucie faire (2000). Mouret devra attendre quatre ans avant de réaliser son film suivant, Vénus et Fleur, portrait de deux jeunes filles en quête de l'âme soeur, une comédie nonchalante présentée à Cannes dans la cadre de la Quinzaine des Réalisateurs.

Egalement sélectionné à la Quinzaine, Changement d'adresse (2006), nouvelle réflexion amusée sur "l'obstination amoureuse et la malléabilité du coeur" au casting surprenant (la "Blonde" Frédérique Bel, le crooner Dany Brillant), se taille un joli succès, ce qui permet à Mouret de tourner très rapidement Un baiser s'il vous plaît (2007), présenté dans une section parallèle de la Mostra de Venise. Avec cette comédie à tiroirs, le metteur en scène creuse son sillon, même s'il dirige cette fois des comédiennes confirmées (Virginie Ledoyen, Julie Gayet). La carte du tendre version Emmanuel Mouret s'enrichit en 2009 d'une nouvelle étape, plus franchement burlesque, Fais-moi plaisir !. L'acteur-réalisateur-gaffeur y est entouré de Judith Godrèche et Déborah François.

En 2011, il se lance un nouveau défi, s'entourant cette fois-ci d'une quinzaine d'acteurs de première ligne pour L' Art d'aimer, sa nouvelle comédie empruntant au "film choral". Deux ans plus tard, Emmanuel Mouret met en scène JoeyStarr dans la romance dramatique Une autre vie, où il reprend son étude du comportement amoureux, tout comme dans la comédie romantique Caprice portée par Virginie Efira, Anaïs Demoustier et lui-même.

En 2018, Emmanuel Mouret s'attaque au film en costumes avec Mademoiselle de Joncquières, adapté d'une oeuvre de Diderot, et emmené par Cécile de France. Deux ans plus tard, le metteur en scène revient avec Les Choses qu'on dit, les choses qu'on fait, une romance contemporaine dans laquelle il dirige Camélia Jordana, Niels Schneider, Vincent Macaigne et Emilie Dequenne.