Ancien sergent de l'armée américaine pendant la Deuxième Guerre Mondiale, John Agar s'est fait connaître du grand public en 1945 grâce à son ... mariage avec Shirley Temple alors âgée de 17 ans. Moins de trois ans plus tard, le vétéran de l'US Army fait ses premiers pas au cinéma en incarnant un lieutenant dans Le Massacre de Fort Apache de John Ford, aux cotés de John Wayne, Henry Fonda et de sa femme Shirley Temple.

S'en suivent deux nouvelles collaborations avec le mythique cow-boy John Wayne : en 1949 dans La Charge heroique (toujours sous la direction de John Ford) puis la même année dans Iwo-Jima d'Allan Dwan, toujours dans des rôles de militaires. En 1951, John Agar rejoint Kirk Douglas dans Une corde pour te pendre de Raoul Walsh, avant de changer radicalement de registre.

C'est le temps des légendaires films d'horreur de série B d'Universal, tels La Revanche de la creature et Tarantula, tous deux tournés en 1955 sous la direction de Jack Arnold, ou encore Le Peuple de l'enfer (1956). Suivront des petites productions du genre comme The Brain from Planet Arous en 1957 et Attack of the Puppet People un an plus tard.

Dans les années 60, John Agar s'éloigne du fantastique et rejoint L' Affaire Al Capone sous la direction de Roger Corman avant de participer une nouvelle fois à un film de guerre dans Hell raiders (1968). Au début des années 70, le comédien retrouve John Wayne et le western dans Chisum (1970) et Big Jake (1971), puis chasse King Kong dans la version de John Guillermin réalisée en 1976.

Depuis les années 80, John Agar s'était tourné vers les téléfilms et les séries télévisées, apparaissant cependant encore en clin d'oeil cinéphilique dans Cabal de Clive Barker (1990).