Jason Isaacs étudie à la Bristol University et sort diplômé de la Central School of Speech and Drama de Londres en 1989. Jouant dans deux saisons de la série britannique Capital city, il fait ses premières armes au cinéma en apparaissant aux côtés de Jeff Goldblum et Emma Thompson dans la comédie romantique The Tall guy (1989) de Mel Smith.

En 1994 débute une fructueuse collaboration entre l'acteur et le cinéaste Paul Anderson, sous la direction de qui il tourne à quatre reprises dans Shopping (1994) et les thrillers de science-fiction Event horizon : le vaisseau de l'au-delà (1997), Soldier (1998) et Resident evil (2002). Il multiplie les petits rôles à l'écran, interprétant Lord Felton dans Coeur de dragon (1996), un ingénieur de la NASA dans Armageddon (1998) et donnant tour à tour la réplique à Ralph Fiennes dans La Fin d'une liaison (1999) et Keanu Reeves dans la romance Sweet november (2001).

En 2000, le visage et le regard d'acier de Jason Isaacs deviennent familiers aux yeux du grand public grâce au Patriot, fresque épique se déroulant durant la guerre d'indépendance américaine et dans laquelle il campe, face à Mel Gibson, le terrifiant colonel William Tavington. Cette performance lui vaut d'ailleurs d'être nommé au Prix du London Film Critics' Circle. Paraissant à la fois séducteur et hautain, il se montre à l'aise dans les rôles d'officier, comme en témoignent ses prestations dans La Chute du faucon noir (2002) de Ridley Scott et Windtalkers, les messagers du vent (id.) de John Woo.

Egalement adepte des personnages hauts en couleur, il incarne une parodie de James Bond dans la comédie d'action Le Smoking (2002), le machiavélique magicien Lucius Malefoy dans Harry Potter et la chambre des secrets (id.), Harry Potter et la Coupe de Feu (2005), Harry Potter et l'Ordre du Phénix (2007), Harry Potter et les reliques de la mort - Partie 1 (2010), ainsi que le capitaine Crochet dans l'adaptation cinématographique de Peter Pan (2004) signée P.J. Hogan.

Entre temps, Isaacs participe aux trois saisons de la série télévisée Brotherhood entre 2006 et 2008, et dans laquelle il tient le rôle central d'un redoutable gangster irlandais sévissant à Boston. On peut aussi le voir dans Green Zone (2010), où il campe un militaire sans pitié en pleine guerre d'Irak. En 2011, l'acteur britannique joue une dernière fois le féroce Malefoy dans Harry Potter et les reliques de la mort - partie 2, donne de la voix pour le doublage du film d'animation Cars 2 et impose son charisme naturel dans le thriller d'action Identité Secrète, en campant le père de la star montante Taylor Lautner.