Pour L'Année prochaine... si tout va bien, son premier long métrage en tant que scénariste et réalisateur, Jean-Loup Hubert réunit devant sa caméra Thierry Lhermitte et Isabelle Adjani. Cette histoire d'un couple se séparant et se réconciliant est suivie de La Smala (1984), une comédie à succès interprétée par un duo totalement différent : Josiane Balasko / Victor Lanoux.

Jean-Loup Hubert doit ensuite réaliser Sanguine, mais le projet est abandonné quinze jours avant le début du tournage. Le metteur en scène, ébranlé par cette nouvelle, s'isole alors dans sa maison de campagne, sur les lieux de son enfance, pour écrire Le Grand chemin, un drame salué par la critique et qui vaut à Anémone et Richard Bohringer les César de la Meilleure actrice et du Meilleur acteur en 1988. Le cinéaste dirige à nouveau ce dernier dans Après la guerre (1989) et La Reine blanche (1990). En 1991, il fait partie d'un collectif de réalisateurs qui, pour le trentième anniversaire d'Amnesty International, conçoit un court métrage de trois minutes dans le cadre du programme Contre l'oubli.

Avec A cause d'elle (1992) qui présente ses premiers émois amoureux, Jean-Loup Hubert achève le cycle autobiographique entamé avec Le Grand chemin, Après la guerre et La Reine blanche, tous trois déjà interprétés par son fils Antoine Hubert. En 1997, le cinéaste fait son retour au grand écran en faisant de la Première Guerre mondiale le théâtre d'une romance, Marthe, emmenée par Guillaume Depardieu et Clotilde Courau. Il attend toutefois sept ans avant de mettre en scène Gérard Jugnot, déjà présent au générique de Marthe, et Adriana Karembeu face à Trois petites filles (2004).