Issu d'une famille nombreuse, Brillante Mendoza songe, un temps, à devenir prêtre, puis psychologue. Il s'oriente finalement vers des études d'art à l'Université Santo Tomas de Manille. Décorateur dans les années 80, il devient ensuite un réalisateur de publicités renommé.

Brillante Mendoza se voit proposer en 2005 de tourner un long métrage de cinéma sur un jeune masseur, Masahista (Léopard d'or du film vidéo à Locarno), avec dans le rôle principal Coco Martin, qui deviendra son acteur-fétiche. Dès lors, Mendoza, qui n'avait jamais envisagé de devenir cinéaste, prend goût à cette activité et enchaîne les films à un rythme soutenu, passant d'un docu-fiction sur les élections présidentielles, (Manoro), à un film de gangsters (Tirador), en passant par un film à sketchs gay (Pantasya). A l'image de Kaleldo, la famille est au coeur de la plupart des films de Brillante Mendoza, qui sont aussi des portraits crus de la société philippine, et notamment de la vie à Manille.

La critique occidentale repère le cinéaste à partir de John John, un film sur l'adoption, traitée avec compassion mais sans complaisance. Le nom de Brillante Mendoza est bientôt sur les lèvres de tous les cinéphiles : Serbis, sur le quotidien d'une famille domiciliée dans un cinéma porno, est présenté en compétition à Cannes en 2008. L'année suivante, on découvre sur la Croisette l'éprouvant Kinatay sur la violence des gangs. Inspiré commé souvent d'une histoire vraie, ce film-choc décroche le Prix de la Mise en scène. Décidément prolifique et éclectique, Brillante Mendoza présente la même année à Venise l'émouvant Lola, ou la rencontre de deux grand-mères réunies par un terrible fait divers.