Doté d'une imagination débordante, Henry Selick invente très jeune des histoires qu'il raconte à ses proches et passe tout son temps libre à dessiner des personnages déjà hauts en couleurs. Son enfance est bercée par des séquences d'animations terrifiantes, telle que la " Nuit sur le Mont Chauve " de Fantasia, mais également des animations image par image de Ray Harryhausen dans les films comme Le Septième voyage de Sinbad ou Jason et les Argonautes qu'il affectionne tout particulièrement.

A l'âge de 20 ans, il entre à l'Université de Syracuse, et suit des cours de peinture, dessin, photo, sculpture, imprimerie, puis découvre, en visionnant des films d'animations expérimentaux, la possibilité d'associer ses nombreux centres d'intérêts dans un langage unique. Henry Selick vient de trouver sa voie. Il poursuit ses études à la California Institute of the Arts auprès notamment de Brad Bird, John Musker, John Lasseter, Tim Burton, ou encore Joe Ranft. Il achève son apprentissage par la réalisation de deux courts métrages, Phases et Tube Tales, cités à l'Oscar du Meilleur Film d'Etudiant.

Après avoir débuté chez Disney en tant qu'animateur, il reçoit une bourse pour réaliser le court-métrage expérimental Seepage, où il associe animation graphique et marionnettes grandeur nature. Il crée sa propre société, Selick Projects (devenue ensuite Twitching Images), et produit des dessins animés (courts) pour la chaîne MTV, qui parrainera, en 1990, son court métrage Slow Bob in the Lower Dimensions. Cette même année, Tim Burton lui confie la réalisation de L'Etrange Noël de M. Jack, premier long-métrage en stop-motion qui lui vaut l'Oscar des meilleurs effets visuels en 1993. Véritable succès public et critique, il est 12 ans plus tard, remasterisé et rediffusé en 3D numérique (L'Etrange Noël de M. Jack 3D). En 1996, il signe l'adaptation du best-seller de Roald Dahl, James et la pêche géante où il combine stop-motion, prises de vue réelles et imagerie numérique. Après cinq ans d'absence, il revient aux affaires avec Monkeybone mettant en scène Brendan Fraser et Bridget Fonda.

Il rejoint en 2004 la société de production Laika, qui lui donne l'occasion de réaliser son quatrième long-métrage, Coraline, premier film d'animation stop-motion conçu en 3D. Une réalisation qui nécessite de longues années de préparation et 18 mois de tournage, période durant laquelle il réalise également le court métrage Moongirl.