Didier Le Pêcheur débute dans la mise en scène en réalisant de nombreux clips pour des artistes musicaux comme Zazie, Julien Clerc ou Dany Brillant. Egalement auteur d'un court-métrage en 1994, Le Mari de la femme du pompiste, il passe deux ans plus tard le cap du long en signant l'adaptation de son propre roman, Des nouvelles du bon Dieu (1996), avec dans les rôles principaux Christian Charmetant et Marie Trintignant. Dans un registre plus sombre, il dirige Jean-Marc Barr et Elodie Bouchez dans le controversé J'aimerais pas crever un dimanche (1998), puis travaille comme scénariste sur deux films d'Elie Chouraqui, Harrison's Flowers (2001) et Ô Jérusalem (2006).

Souhaitant s'éloigner d'un cinéma d'auteur "forcément ghettoïsé" (dixit le réalisateur), Didier Le Pêcheur collabore dans les années 2000, soit comme scénariste ou réalisateur, à de nombreuses séries télévisées parmi lesquelles La Crim', R.I.S. Police Scientifique ou Les Bleus. On lui doit également le scénario du téléfilm Le 7ème juré d'Edouard Niermans diffusé sur France 2. Côté cinéma, il essuie un échec, le non aboutissement d'un projet sur la prise d'otages à l'aéroport de Marignane en décembre 1994. Il faut attendre 2007 pour le retrouver aux commandes d'un long métrage, en l'occurrence Home Sweet Home, une comédie sur les rapports père / fille interprétée par Judith Godrèche et Patrick Chesnais.

On ne le retrouve sur grand écran qu'en 2014 pour La Liste de mes envies, comédie dramatique adaptée du livre éponyme de Grégoire Delacourt, avec Mathilde Seigner, Marc Lavoine et Virginie Hocq. Entre temps, le touche-à-tout s'est focalisé sur le petit écran, oscillant entre le téléfilm sur l'érotomanie Faux coupable diffusé sur France 2 en 2012 et des séries télévisées à succès comme No Limit et Vive la colo !.