Jason Biggs débute à l'âge de 5 ans dans de nombreux spots publicitaires. En 1985, il monte sur les planches de Broadway aux côtés de Judd Hirsch pour la pièce Conversations with my father. Après avoir obtenu son diplôme en 1996, il fait ses débuts au cinéma dans le confidentiel Camp Stories. Il accède subitement au succès dès 1999 grâce au personnage de Jim Levenstein, jeune homme maladroit entouré par une bande de copains obsédés par le sexe, rôle qu'il reprendra à quatre reprises pour une série de films très rentables (American pie, American Pie 2, American pie : marions-les ! et American Pie 4).

Biggs devient ainsi une figure récurrente de la comédie pour adolescents, interprétant tour à tour un étudiant naïf (Loser), un dragueur mythomane (Boys and Girls) ou encore un amoureux transi (Diablesse). Il collabore deux fois avec Kevin Smith : après avoir joué son propre rôle dans Jay & Bob contre-attaquent, il est l'assistant de Ben Affleck dans Père et fille.

En 2003, Woody Allen le choisit pour incarner le personnage principal empli de doutes existentiels de Anything else, la vie et tout le reste, film pour lequel il retrouve Christina Ricci, qui avait déjà été sa petite amie à l'écran dans le drame Prozac nation. Il est également à l'affiche de deux comédies ayant pour cadre le milieu polaire : Antartica, prisonniers du froid et Guy X, dans lesquels il campe respectivement le pote de Paul Walker et un soldat américain transféré par erreur dans une base de l'Arctique.

Après cette brève incursion dans le film d'aventure, il revient en 2008 à son genre de prédilection, la comédie romantique, avec La Copine de mon meilleur ami, où il donne la réplique à Kate Hudson. La même année, il reprend son rôle de loser attachant dans deux films aux côtés d'Eva Longoria, Desperate Teachers et Le Fantôme de mon ex-fiancée.

S'il n'arrive pas à être assez bancable pour porter des projets importants et intéressants, il aide néanmoins à la production de téléfilms (I'm in Hell, Happiness Isn't Everything) et de court-métrages (The Third Rule), et parvient à rester un second rôle récurrent et sympathique du cinéma populaire américain. En 2011, il revient à la télévision, média où il a débuté ("Drexell's House" en 1991), pour Mad Love, dans lequel il tient le rôle titre aux côtés de Sarah Chalke (Scrubs).