Fils du documentariste Sol Korine, Harmony grandit à Nashville (Tennessee). Fasciné par les films de Buster Keaton, il passe ses journées dans la salle de cinéma locale. Adolescent, il part chez sa grand-mère à New York, où il entame des études d'anglais, mais découvre surtout le cinéma de Fassbinder, Godard ou Cassavetes, avant de travailler comme assistant de production sur Light Sleeper de Paul Schrader.

A Washington Square Park, où il fait du skate avec ses copains, Korine rencontre un jour Larry Clark, qui lui propose d'écrire un scénario. C'est ainsi qu'il signe, à 19 ans, le script de Kids (1995), long métrage-choc sur le quotidien d'ados désœuvrés au temps du sida. A la même période, il écrit pour Clark le scénario de Ken Park, mais cette œuvre, encore plus crue, et tout aussi désespérée, ne verra le jour qu'une dizaine d'années plus tard.

En 1997, Harmony Korine réalise son premier long métrage, Gummo, bric-à-brac poétique et inventif qui fait la part belle à l'Amérique des laissés-pour-compte. Au générique de ce premier opus très remarqué, notamment à Venise, figure celle qui est alors sa compagne, Chloë Sevigny, également à l'affiche de son deuxième long, Julien Donkey-Boy (1999), film labellisé du "Dogme" de Lars von Trier. Mais Korine s'éloigne ensuite des plateaux de cinéma, traversant une longue période de crise (dépression, toxicomanie) et se consacre à d'autres activités. Joueur de banjo, danseur de claquettes, écrivain, réalisateur de clips, photographe : sa série de clichés sur Macaulay Culkin fit même l'objet d'une exposition.

S'il réapparaît à l'écran en 2005 dans une scène de Last days de son vieil ami Gus Van Sant, il faut attendre 2007 pour découvrir son nouveau long métrage, Mister Lonely, projeté à Cannes dans la sélection Un Certain Regard. Présenté comme une comédie, le film nous invite dans une communauté de sosies coupés du monde et révèle un Harmony Korine sans doute apaisé et moins acide qu'auparavant, mais conservant toujours la poésie et le malaise qui lui sont propres.

Le cinéaste retourne ensuite à l'exploration d'un groupe de marginaux dans l'ovni Trash Humpers (2009). Malgré sa diffusion dans de nombreux festivals du monde entier, le film sort directement en DVD en France. Après une série de courts métrages et une participation au film collectif The Fourth dimension (2011) où Val Kilmer interprète le rôle principal, Korine fait son retour dans les salles de cinéma en 2013 avec l'énergique Spring Breakers, au casting 5 étoiles : Vanessa Hudgens, Selena Gomez et James Franco en tête.