Toby Jones est né le 7 septembre 1967 à Oxford. Son père, Freddie Jones, est un célèbre acteur britannique. Il décide dès son plus jeune âge de suivre les pas de son géniteur et s'inscrit à l'"Ecole Internationale de Théâtre Jacques Lecoq" à Paris, où il apprend l'art de la scène. Il démarre alors une carrière théâtrale et se produit notamment au "National Theatre" à Londres. Très vite, l'acteur, devient réalisateur et professeur au "National Theatre Studio" et écrit des pièces (Wanted man, Missing Reel), qui y sont développées.

Mais loin de se contenter des planches, Toby Jones poursuit son ascension sur grand écran. De petits rôles en seconds rôles il se fait une renommée certaine. Il incarne un juge anglais dans Jeanne d'Arc de Luc Besson, puis un commis de cuisine en 2000 dans Hotel splendide de Terence Gross. Il prête également sa voix, en 2002, à l'elfe Dobby, l'ami d'Harry Potter dans Harry Potter et la chambre des secrets de Chris Columbus.

En 2005, il est Robert Cecil, dans la série à succès Elizabeth I réalisée par Tom Hooper, et donne notamment la réplique à Helen Mirren et Jeremy Irons. Il tourne pour le réalisateur britannique, Stephen Frears dans Madame Henderson présente, avant de rejoindre son père sur le plateau des Dames de Cornouailles de Charles Dance et de jouer aux côtés de Naomi Watts et Edward Norton dans Le Voile des illusions (2007), de John Curran. Il y incarne Waddington, le seul ami occidental du couple exilé en Chine. La même année, le comédien interprète Truman Capote, personnage principal de Scandaleusement célèbre de Douglas McGrath, où il tourne aux côtés de Sandra Bullock et Sigourney Weaver. Ce rôle lui apporte la reconnaissance critique et donne une nouvelle dimension à sa carrière.

Toby Jones rejoint en 2007 le tournage du film The Mist de Frank Darabont et enchaîne avec un autre univers fantastique, celui de La Cité de l'ombre l'année suivante. Plus politiques, ses longs métrages suivants abordent deux des présidents américains les plus polémiques : George W. Bush dans W. - L'improbable Président (2008) d'Oliver Stone et Richard M. Nixon dans le film de Ron Howard : Frost / Nixon, l'heure de vérité (2009). On le retrouve par la suite aux côtés de Paul Bettany et de Jennifer Connelly dans Création, réalisé par Jon Amiel.

Il endosse pour la seconde et dernière fois le rôle de Dobby dans la première partie de Harry Potter et les reliques de la mort en 2010, puis, sa carrière étant très active, il obtient des rôles dans des films de genres très variés : il tourne dans le film d'exorcisme Le Rite, le film d'espionnage La Taupe, et le biopic My Week with Marilyn. Au début des années 2010, ses choix de carrière mettent les blockbusters à l'honneur : ainsi, on le retrouve dans Captain America, Les Aventures de Tintin : Le Secret de la Licorne, Hunger Games et Blanche-Neige et le chasseur. Parallèlement à ces nombreux seconds rôles, le comédien porte le très bon téléfilm The Girl (2012), où il interprète ni plus ni moins qu'Alfred Hitchcock, puis reste dans la représentation du milieu cinématographique avec l'horrifique Berberian Sound Studio (2013).