Grandissant dans la banlieue lyonnaise, à Sainte-Foy-Les-Lyon, Jean-Baptiste Maunier intègre, dès la 6ème, la chorale des Petits Chanteurs de Saint-Marc et dévoile un véritable don pour le chant. Remarqué en 2004 par le réalisateur Christophe Barratier lors d'auditions à Lyon, il décroche le rôle du jeune soliste Pierre Morhange pour Les Choristes. Personne ne se doute alors de l'immense succès que va remporter l'année suivante ce film en France.

Sa carrière de comédien lancée - il tourne en 2006 la mini-série Le Cri pour France 2 -, il n'en oublie pas pour autant sa première passion, le chant, avec la sortie en 2005 du disque Concert pour deux voix auquel collabore Clémence Saint-Preux. Donnant de la voix pour le film d'animation Piccolo, Saxo et Cie, Jean-Baptiste Maunier fait auparavant face au Grand Meaulnes, interprété par Nicolas Duvauchelle dans l'adaptation du roman d'Alain-Fournier signée Jean-Daniel Verhaeghe.

Premier rôle d'adolescent accro au skateboard et au portable, pour Jean-Baptiste Maunier, dans la comédie fantastique et déjantée Hellphone réalisée par James Huth de Brice de Nice, avant de retrouver les films à costumes dans le remake de L'Auberge rouge aux côtés de Gérard Jugnot qui troque son costume de professeur des Choristes pour la soutane du père Carnus.