Diplômé de l'université de Lane Tech au nord de Chicago, Stuart Gordon commence sa carrière comme illustrateur de publicités. Ne parvenant pas à entrer dans une école de cinéma, il choisit un cours de théâtre duquel il finit major de promotion. Après avoir créé le Screw Theater qui propose du théâtre expérimental dérangeant, il fonde une autre troupe avec sa femme, puis en 1985, après avoir filmé la pièce Bleacher Blums en 1979, passe à la réalisation de Re-Animator, devenu un classique de la comédie d'horreur.

Dès son film suivant cependant, la comédie disparaît au profit d'un film horrifique à part entière : Aux portes de l'au-delà (1986). Un an avant la sortie de Jeu d'enfant, il tourne Dolls - les poupées, et s'essaie (avec difficulté, en se heurtant à son coscénariste Joe Haldeman) à la parabole politique teintée de science-fiction avec Robot Jox (1989). La même année, il s'essaie à la comédie Disney tout public en coécrivant la base de ce qui deviendra Chérie, j'ai rétréci les gosses, qui deviendra un grand succès populaire, bien que leur scénario soit remanié par Joe Johnston et Tom Schulman.

En fan de suspense, il engage Anthony Perkins (Psychose) pour le téléfilm Daughter of Darkness, engage Christophe Lambert pour Fortress, retrouve Jeffrey Combs de Re-Animator pour Castle Freak et adapte Edgar Alan Poe pour Le puits et le pendule. En parallèle, il coécrit Body Snatchers pour Abel Ferrara et Le dentiste pour son ami Brian Yuzna. Insaisissable, il tourne la comédie familiale The Wonderful Ice Cream Suit, l'histoire d'un costume qui exauce les voeux de son porteur ou le film d'action Space Truckers avec Stephen Dorff.

En 2001, il réunit deux nouvelles de H.P. Lovecraft pour Dagon, puis travaille avec l'auteur Charlie Higson sur l'adaptation de son King of the Ants. Après avoir tenté l'univers du polar avec Edmond, porté par William H. Macy, il terminera sa carrière sur Stuck en 2007, inspirée d'un réel fait divers sur une femme renversant un SDF qu'elle décide d'essayer de tuer. Avec le plus souvent un certain manque de moyens, Stuart Gordon faisait partie de ces artisans passionnés comme le cinéma d'horreur en possède tant, capable de vous mettre en tête des images qui resteront gravées dans vos mémoires.