C'est dans une compagnie de théâtre pour enfants des quartiers défavorisés que Freddy Rodriguez, âgé de 14 ans, commence sa carrière d'acteur. Il reçoit pour son excellent travail une bourse lui permettant de financer ses études artistiques, et joue dans 20 productions locales. En plus de ses talents d'acteur, Freddy Rodriguez montre également des dispositions pour la danse en chorégraphiant des spectacles de la scène Hip Hop de Chicago. En 1995, il tourne aux côtés de Keanu Reeves dans Les Vendanges de feu d'Alfonso Arau, puis enchaîne quelques rôles. Payback lui permettra de jouer aux côté de Mel Gibson, mais le succés n'est pas encore aux rendez-vous.

En 2001, la série Six feet under annonce un nouveau virage dans la carrière de l'acteur. Son rôle d'entrepreneur de pompes funèbres lui vaut une citation à l'Emmy, deux Alma Awards, un Nosotros Award et deux Screen Actors Guild Awards partagés avec ses partenaires. Il partcipe aussi à la série Scrubs. En 2006, Freddy Rodriguez s'essaie au fantastique avec La Jeune fille de l'eau de M. Night Shyamalan. La même année, il fait partie du casting de Poséidon, un film d'aventure à gros budget avant de participer au rugueux Bad times.