Fils du grand sociologue Pierre Bourdieu, Emmanuel Bourdieu se destine lui aussi à une carrière universitaire. Pendant sa classe prépa à Henri IV, ce futur normalien, agrégé et docteur en philosophie, se lie d'amitié avec Denis Podalydès, qui deviendra son fidèle complice.

Proche des cinéastes Bruno Podalydès (frère de Denis) et Arnaud Desplechin, Emmanuel Bourdieu coécrit en 1996 avec ce dernier le scénario de Comment je me suis disputé... (ma vie sexuelle). Egalement auteur de pièces de théâtre, il est sollicité par d'autres metteurs en scène, comme Nicole Garcia pour le script de Place Vendome et Catherine Corsini pour celui de La Nouvelle Eve. Il passe lui-même à la réalisation en 1998 avec le court métrage Venise, mais c'est avec le moyen métrage Candidature, peinture acide du milieu universitaire, lauréat du Prix Jean-Vigo en 2001, qu'il est remarqué.

En 2003, Emmanuel Bourdieu se lance dans la réalisation de son premier long métrage, Vert paradis, un film qu'il qualifie lui-même de "suspense sentimental", avec Denis Podalydès (également co-scénariste) dans le rôle d'un sociologue qui revient dans son village natal. Tout en continuant parallèlement de collaborer à l'écriture des films d'Arnaud Desplechin, il signe en 2006 son deuxième opus, Les Amitiés maléfiques, primé à la Semaine de la Critique, le brillant portrait d'un groupe de jeunes intellectuels parisiens, entre admiration mutuelle et vampirisation. On retrouve le thème de la manipulation dans son troisième film, Intrusions (2008), interprété entre autres par son actrice-fétiche, Natacha Régnier.